Năm 1964 trường cấp 3 Quang Huy, nay là trường THPT Phù Yên được thành lập. 
Năm học đầu tiên (1964-1965) trường có 37 học sinh và 11 giáo viên.
Năm học 2009- 2010 trường THPT Phù Yên có 1400 học sinh và 95 cán bộ giáo viên, nhân viên.45 năm qua, trường THPT Phù Yên gắn liền với mảnh đất, con người quê hương Phù Yên, một huyện Anh hùng phía Tây Bắc Tổ quốc, nơi có trên 90% đồng bào các dân tộc thiểu số sinh sống.45 năm qua, vượt lên mọi khó khăn thử thách, nhà trường đã không ngừng phát triển và có những đóng góp xứng đáng vào sự nghiệp Giáo dục - Đào tạo của tỉnh Nghĩa Lộ, tỉnh Sơn La và của đất nước. 


Những thành tích đáng tự hào




 

45 năm xây dựng và phát triển, dù trong hoàn cảnh nào trường THPT Phù Yên vẫn kiên trì bám sát mục tiêu nguyên lý giáo dục của Đảng: Giáo dục thế hệ trẻ trở thành lớp người kế tục trung thành sự nghiệp cách mạng của Đảng, của dân tộc, góp phần vào sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước.45 năm qua, các thế hệ nhà giáo, cán bộ viên chức của trường đã tận tâm, tận lực vì học sinh thân yêu, gắn bó với sự nghiệp giáo dục và đào tạo. Các thầy cô có lối sống giản dị, mẫu mực, có tác phong sư phạm, có phương pháp giảng dạy vững vàng, luôn cần cù sáng tạo trong lao động dạy học và được nhân dân kính trọng. 

Đến nay, nhiều thầy cô đã trở thành giáo viên giỏi, chiến sĩ thi đua, nhà giáo ưu tú và những cán bộ tin cậy của Đảng.45 năm qua, trường THPT Phù Yên là cái nôi nâng cao dân trí, đào tạo nhân lực, bồi dưỡng nhân tài cho quê hương Phù Yên, đóng góp tích cực vào việc khai thác và bồi dưỡng tài nguyên trí tuệ cho tỉnh Nghĩa Lộ, tỉnh Sơn La và cho đất nước. Hơn tám nghìn học sinh ra trường đang sống, lao động, học tập và bảo vệ Tổ quốc trên khắp mọi miền của đất nước, trong đó có quê hương Phù Yên. Có người là cán bộ của Đảng, Nhà nước, quân đội; có người là kỹ sư, thầy giáo, thầy thuốc, nhà báo, doanh nhân, có người lao động sản xuất, kinh doanh... dù ở vị trí nào, những học sinh cũ của trường THPT Phù Yên cũng đem hết tài năng và trí tuệ của mình để cống hiến cho sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc Việt Nam XHCN và luôn hướng về mái trường đã chắp cánh cho họ bước vào đời, tạo điều kiện về tinh thần và vật chất giúp đỡ nhà trường phát triển.Sự phát triển của trường THPT Phù Yên đã tạo tiền đề cho sự ra đời các trường THPT Gia Phù (năm 2001), trường THPT Tân Lang (năm 2006).

Kết quả giáo dục - đào tạo của trường THPT Phù Yên trong 45 năm được thể hiện qua: 
- 8.156 học sinh tốt nghiệp THPT, trong đó học sinh dân tộc 6.035 chiếm 73,99%
- 135 học sinh đạt giải học sinh giỏi cấp tỉnh; 
- 9 học sinh đạt giải học sinh giỏi cấp quốc gia;
- Nhiều Huy chương Vàng, Bạc, Đồng và giải cao về đồng đội, cá nhân trong các Hội diễn văn nghệ, Hội khoẻ Phù Đổng, giải điền kinh, kể chuyện tấm gương Đạo đức Hồ Chí Minh, Bí thư chi đoàn giỏi, tìm hiểu và tuyên truyền Pháp luật v.v... 
- 25 lượt GV đạt danh hiệu Chiến sĩ thi đua các cấp; 
- 11 cá nhân được công nhận giáo viên giỏi cấp tỉnh;Những cố gắng vươn lên của trường về mọi mặt trong 45 năm đã được ghi nhận qua: 
- 11 Bằng khen cấp Bộ (Bộ Giáo dục - Đào tạo, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam, Công đoàn Giáo dục Việt Nam, Trung ương đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh);- 24 Bằng khen cấp tỉnh (UBND Tỉnh, Đảng bộ tỉnh, Tỉnh đoàn); 

Nhiều ban ngành đoàn thể của tỉnh Nghĩa Lộ, tỉnh Sơn La, huyện Phù Yên đã tặng nhiều Bằng khen, giấy khen cho tập thể và cá nhân.Đến nay, trong tổng số 8.156 học sinh tốt nghiệp THPT của trường, có:
- 13 người có bằng Thạc sĩ trở lên;- 3007 người có bằng Đại học, Cao đẳng; trong đó người dân tộc 2014 chiếm tỷ lệ 66,97%
- 804 người tham gia lực lượng vũ trang.
- 445 người đã và đang là cán bộ chủ chốt của các xã, thị trấn của huyện Phù Yên.
- 1095 người đã và đang công tác trong các ngành thuộc địa bàn huyện Phù Yên;
- 78 người là gương mặt sản xuất kinh doanh giỏi ở huyện Phù Yên.